No segundo turno das eleições de 2006, Eduardo Paes apoiou o então candidato Sérgio Cabral Filho. Com a vitória , Paes ganhou a Secretaria de Esporte, Turismo e Lazer.
Afrete da secretaria , coordenou abras no Maracanã. A reforma custou aos cofres públicos 300 milhões, mas de nada valeu , pois em 2011, o estádio foi colocado abaixo novamente, totalizando um gasto de Um bilhão de reais.
Em outubro de 2007, pela sexta vez, Eduardo Paes trocou de partido. Ele saiu do PSDB e se filiou ao PMDB para ser lançado como candidato de Sérgio Cabral á prefeito do Rio.
Desde do início do governo , Eduardo Paes e Sérgio Cabral se juntaram em obras bilionárias , de eficácia duvidosa e que causaram diversos transtornos a população , como: Exemplo: a derrubada da Perimetral.
Agora , com os escândalos da empreiteira Delta e de Carlinhos Cachoeira envolvendo o nome do Governador o prefeito Eduardo Paes tenta desassociar sua imagem a do antigo parceiro.